Pour Emile, la réponse ne passe pas par la peur mais celui-ci redouble sa mobilisation contre l’occupant. Il est rapidement inquiété, suite à un regain des activités de sabotage dans la région. Il reçoit alors un courrier programmant son internement au camp de Voves suite à la recommandation du Préfet Charles Le Baube d’Eure-et-Loir en application du décret du 18 novembre 1939. Ce décret complété en septembre 1941, par le Maréchal Pétain prévoit l’internement sans jugement des individus jugés dangereux pour la défense nationale et la sécurité publique. Aucun motif justifiant cette décision n’est précisé et c’est la seule application de la loi qui a valeur de justification. 

Le 25 septembre 1942, il est arrêté à son domicile par la Gendarmerie de Chartres et conduit le même jour au camp de Voves.

 Le camp de Voves est un ancien camp d’aviation que les autorités allemandes décident d’utiliser pour regrouper les prisonniers de guerre français à partir du 17 juin 1940. Il devient alors le Frontstalag n°202. A la fin de l’année 1941, le Préfet d’Eure-et-Loir nommé par Vichy, Pierre Le Baube. organise la transformation du camp qui devient un centre d’internement administratif pour répondre au décret de septembre 1941 sur l’internement des personnes jugées dangereuses pour la sécurité nationale.  Le camp devient alors le centre de séjour surveillé n°15 et enferme désormais de nombreux opposants politiques dans 52 baraques. Le camp sert ainsi de réserve d’otages.  La solidarité est importante au sein du camp et les détenus s’organisent entre eux pour maintenir leurs bonnes conditions physiques et intellectuelles. Ainsi,  Emile Allart participe-t-il peut être aux cours de “l’université” ainsi qu’elle est appelée par les détenus eux-mêmes, et se voit dispenser des cours de français, d’anglais, de mathématiques ou de géographie. 

Restée à Lèves, la compagne d’Emile Allart, Laure Léger réclame sa libération au maire puis au préfet dès septembre 1942. Devant leurs fins de non-recevoir, et sur les conseils du maire Jules Vallain,  celle-ci rédige le 19 octobre 1942 une pétition réclamant la libération de son compagnon. Cette pétition est signée par près de 200 habitants dont le maire lui-même, premier signataire. On retrouve également le nom de personnalités connues dans la communes comme Henri Jacquet, père d’Alphonse alors retenu prisonnier en Allemagne. 

Dans cette lettre, les habitants de Lèves supplient Monsieur le Maire d’intercéder auprès de Monsieur le Préfet pour qu’Emile Allart puisse retourner à son travail et à son foyer. Ceux-ci disent qu’il a fait preuve d’une conduite exemplaire, qu’il est sobre, laborieux et attaché à son travail. Les habitants de Lèves demandent une libération urgente. 

Élaborer une telle pétition en temps d’Occupation est une entreprise extrêmement risquée et les signataires s’exposent à la répression. 

Cette pétition n’a pas l’effet escompté : le préfet ne répond pas mais charge le commissaire de police Charles Porte de démêler l’affaire et d’interroger Emile Allart sur ses activités politiques car c’est bien pour ses sympathies communistes qu’on le soupçonne d’entretenir que celui-ci est réellement détenu. 

Emile Allart est alors interrogé par le policier Isidore Gay en présence du directeur du camp de Voves, Jean Duval. Il déclare lors de cet interrogatoire avoir reçu une notification d’un arrêté d’internement ressortit d’une arrestation et d’un séjour surveillé au camp de Voves. Au cours de cette arrestation, les gendarmes l’ont minutieusement fouillé, trouvant portefeuille et carte d’identité. Il affirme par ailleurs ne s’être jamais occupé des opinions de son jeune frère Hoche et rappelle qu’il “n’entend rien à la politique”. On lui demande alors de signer un engagement d’honneur faisant serment de fidélité au Maréchal Pétain en cas de libération. 

 Celui-ci s’y refuse : la clémence lui est refusée. Il reste donc interné au camp de Voves jusqu’au 18 novembre 1943.